Apesar de não agradar totalmente, a pequena Reforma acalmou os ânimos mais exaltados. Todavia, os reis que sucederam a Henrique VIII, tentaram trazer a Igreja de volta ao domínio de Roma, provocando uma época de muita perseguição e intolerância. Ao ascender ao trono Isabel, que não era Católica nem Protestante, ocorreu não apenas o fortalecimento da Igreja Anglicana, como o fortalecimento do movimento puritano, que visava reformar, de fato, tanto a Igreja Romana quanto a Anglicana.

      Isabel reinou entre 1558 e 1603, e esse foi o período que ocorreu o surgimento do Congregacionalismo, a partir de dentro do puritanismo. O Movimento adotava duas linhas distintas. De um lado havia forte influencia do modelo Presbiteriano, do outro lado fortaleciam-se ideias independentes, que procuravam dar a cada Congregação (igreja local) independência de governo. A partir de Henry Jacob (1610) o movimento independente ganhou corpo, separando-se do Anglicanismo. O Congregacionalismo, teve um começo humilde, mas aos poucos foi se firmando, crescendo definitivamente sob a liderança de Oliver Cromwell, tendo outros expoentes, como Milton e John Bunyan.

     Da Inglaterra, o Congregacionalismo expandiu-se para a América do Norte, especialmente a partir dos Peregrinos do "Mayflower" e da Colônia de Plymouth.